Ramutė Kalnėnaitė nuo 1964 iki 1975 m. mokėsi Nacionalinėje M. K. Čiurlionio menų mokykloje, Romano Armono klasėje. Tuo metu ji laimėjo ir keletą tarptautinių bei respublikinių konkursų. Toliau, nuo 1975 iki 1980 m., ji studijavo Maskvos P. Čaikovskio konservatorijoje ir įgijo visas kvalifikacijas, įskaitant atlikėjos-solistės, pedagogės, kamerinio ansamblio atlikėjos ir orkestro solistės kategorijas. Valstybinių institucijų kvietimu, ji buvo paskirta dirbti Lietuvos kameriniame orkestre, kuriam tuo metu vadovavo maestro Saulius Sondeckis. Studijas 1980–1982 m. tęsė Maskvos P. Čaikovskio konservatorijos solinėje aspirantūroje (asistentūroje-stažuotėje), bendrai septynerius metus ji mokėsi ilgamečio Mstislavo Rostropovičiaus asistento prof. Stefano Kaljanovo klasėje. Grįžusi į Lietuvą 1983 m., ji buvo pakviesta mokyti Nacionalinėje M. K. Čiurlionio menų mokykloje, kur dėsto violončelės specialybę, kamerinės muzikos atlikimą ir dirba iliustratore. 1984 m. ji laimėjo I vietą prestižiniame Tarprespublikiniame (dabar – Tarptautiniame) muzikų-atlikėjų konkurse Rygoje.
Kalnėnaitė yra griežusi Čekijoje, Vengrijoje, Lenkijoje, Latvijoje, Estijoje, Prancūzijoje, Šveicarijoje, Baltarusijoje, Uzbekijoje, JAV, ir Rusijos didžiųjų miestų svarbiausiose salėse. Kaip solistė yra koncertavusi su Lietuvos ir Latvijos nacionaliniais simfoniniais orkestrais, Lietuvos kameriniu orkestru, Klaipėdos kameriniu orkestru, Nacionalinės M. K. Čiurlionio menų mokyklos styginių orkestru ir Taškento konservatorijos kameriniu orkestru. Ji yra dalyvavusi tarptautiniuose ir respublikiniuose muzikos festivaliuose Prancūzijoje, Čekijoje ir Lietuvoje (Tarptautinis Th. Manno festivalis, „Alternatyva“, Kristupo festivalis, Druskininkų vasara su M. K. Čiurlioniu, Šiaurės Lietuvos muzikos festivalis Biržuose, Tarptautiniame vasaros festivalyje „Olympus musicus“ Prahoje ir kt.). Kalnėnaitė 2001 m. atstovavo Lietuvai Tarptautiniame Mstislavo Rostropovičiaus violončelininkų festivalyje Rygoje, skirtame miesto 800-ajam gimtadieniui paminėti (dirigavo ir solo griežė pats M. Rostropovičius). 2004–2005 m. Lietuvos Nacionalinio operos ir baleto teatre amerikiečių choreografo pastatyto spektaklio-koncerto „Atspindžiai“ rodymuose ji visą sezoną griežė P. Čaikovskio „Variacijas rokoko tema“.
Atlikėja yra įrašiusi nemažai muzikos Lietuvos nacionalinio transliuotojo (LRT) fondui ir yra atlikusi kamerinės muzikos programas su puikiais Lietuvos ir užsienio atlikėjais. Kalnėnaitė grojo kartu su tokiais pianistais, kaip Aušra Banaitytė, Gražina Ručytė-Landsbergienė, Jurijus Gildiukas (Baltarusija), Jurgis Karnavičius, Leonidas Dorfmannas (Vokietija), Sonata Deveikytė-Zubovienė, Albina Šikšniūtė, Eugenijus Žarskus, Elena Stanevičiūtė, Sonata Alšauskaitė-Mikulė, Daiva Stulgytė, Vsevolodas Dvorkinas (Italija), Irina Nuzova (JAV), Alexander Paley ir kt. Taip pat bendradarbiavo su vargonininkais Leopoldu Digriu, Bernardu Vasiliausku, Leonidu Melniku, Renata Marcinkute-Lesieur, Gediminu Kvikliu, Jūrate Bundzaite bei Jūrate Landsbergyte, altininkais Haraldu Schonewegu (Vokietija), Jakovu Zatsu (Italija), klarnetininkais Algirdu Budriu, Genadijumi Zabara (Baltarusija), smuikininkais Romanu Fedchuku (Čekija), Nataša Lipkina (JAV), Alechandro Drago (Argentina), fleitininku Johannesu Hustedtu (Vokietija) ir daugeliu kitų muzikų.
2005 m. jai LR kultūros ministerija suteikė meno kūrėjo statusą, o Lietuvos muzikų sąjungos nare tapo nuo pat jos atkūrimo 1995 m. Atlikėja nuo 2006 m. yra kvarteto „Akademija“ narė, su juo koncertavo Lietuvoje, o 2012 m. įrašė kompaktinę plokštelę, kurioje – W. A. Mozarto ir C. M. Weberio styginių kvintetai su klarnetu. Kalnėnaitė aktyviai dirba ir mokymo metodikos srityje, 2005 m. parengė Nacionalinės M. K. Čiurlionio menų mokyklos Styginių skyriaus violončelės specializacijos programą, patvirtintą LR švietimo ir mokslo ministerijos. Drauge su violončelės mokytoju ekspertu Romanu Armonu, kviečiant aukščiausio lygio užsienio šalių profesionalus, nuolat rengė kompetencijų kėlimo kursus violončelės mokytojams ir mokiniams Lietuvoje, veda meistriškumo kursus Čekijoje, Latvijoje, Estijoje, Belgijoje.
Kalnėnaitė kviečiama dirbti tarptautinių ir nacionalinių jaunųjų atlikėjų konkursų žiuri nare ir pirmininke. Ir jos mokiniai aktyviai dalyvauja konkursuose garbingai atstovaudami Lietuvą, koncertuoja su šalies ir užsienio kameriniais ir simfoniniais orkestrais, o baigusieji studijas gimtojoje šalyje jas sėkmingai tęsia JAV, Suomijos, Jungtinės Karalystės, Vokietijos, Airijos aukštosiose mokyklose. Nuo 2012 iki 2020 m. Kalnėnaitė dėstė Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje, nuo 2018 m. yra Lietuvos Vytauto Didžiojo universiteto Muzikos akademijos docentė. 2015 m. violončelininkė buvo apdovanota LR prezidentės Dalios Grybauskaitės padėka.